这次队伍之间的比试，给了蒋介石极大的自信，所以蒋介石在没有和刘源众人透漏的情况下作了下一个决定，那就是整理党务。
汪精卫当时虽然已经不在了，但是国民党中央执行委员会第二次会议还是如期召开，在会上，蒋介石提出了以改善中国共餐党和中国国民党的关系文明，提出了一些列的《整理党务案》
同时蒋介石强调禁止在学校内搞小组织，小团体，贺衷寒这个热衷于此项活动的人，已经被派到了苏联，共餐党的青军会则更加被重视。
同时在四月八日，蒋介石在向黄埔师生演讲的时候，提出了清党两个字，要求军校实行党籍甄别，所有人只能加入一个党派。
当时被暴漏的有二百多人，不得不宣布退出国民党，这其中最有名的当属蒋先云和陈赓。
蒋先云虽然是蒋介石的族侄，但是宣布退出共餐党的时候，他是最积极的，尽管蒋介石做了很多工作，但是依然没有任何效用。
当然也有一些人退出了共餐党，像李默庵、曾扩情等人，虽然和陈赓他们关系都不错，但是每个人都有选择自己未来的权利。
当然也有一些人潜伏下来，像宋希濂等。
不仅仅是学生，很多共餐党在黄埔担任过教官的人也都离开了。
当然整理党务案不会仅仅如此而已，其中有几项要求，比如国民党员，必须仅仅信仰三民主义，这条就限制了跨党人员的存在。
还有共餐党员，在任执行委员，不得超过总数的三分之一等等。
整理党务案讨论了很久，尽管共餐极力反对，但是最后还是通过了。
当时很多共餐党人都是抱着反对态度，像毛，周主任，陈延年，等等党内人士都是反对的。
但是也有很多人支持，像张国焘，还有刚从苏联回来的鲍罗廷，就对此事支持。
就连一向以软弱著称的陈独秀，在这个时候都找过鲍罗廷，可惜没有任何效果，有一次苏联援助中国五千支步枪，陈独秀希望能不将这些枪完全给国民党，而是给共餐党一部分，可惜被鲍罗廷拒绝了。
当时愤怒的陈独秀就曾经对着鲍罗廷痛斥到，“你鲍罗廷是不是被蒋介石绑架了。”
鲍罗廷个子很高，像是一条棕熊，愤怒的对陈独秀说，“国共合作，是共产国际的旨意，你们中国注定要给国民党当苦力，就不要有什么想法了。”
在这种情况下，更多人选择了辞职，国民党执行委员秘书长刘芬，组织部长谭平山，宣传部长毛润东（这个你知道是谁就可以了）农民部长林伯渠都。
共餐党退出，国民党当然占有了共餐党原来的位子，蒋介石就担任了组织部长，其他位置也由国民党来担任，同时在接下来的会议中，蒋介石的位置不断提高，蒋介石被推举被国民党中央执行委员会主席，成为名副其实的国民党第一，国民政府军政大权全部落入蒋介石的手里。当时蒋介石还找过刘源问刘源要不要再中央担任给委员什么的。
但是被刘源拒绝了，他现在在军队的位置就已经让很多人拒绝了，现在中央，就连何应钦都没有什么想法，自己更不能给自己找麻烦，现在要是进了中央绝对不是好事，那就证明离死不远了。